اختلافات لایحه پیشنهادی شیخ با مصوبه نمایندگان این بود که بر اساس این مصوبه بعد از معرفی بیست تن از مجتهدین طراز اول به مجلس باید پنج تن به عضویت مجلس درمیآمدند، در حالی که در پیشنهاد شیخ فضلالله نوری این افراد لزوماً نماینده مجلس نبودند.
شیخ فضلالله نوری بعد از مخالفت با قانون اساسی مشروطه، موارد اصلاحی خود را تحت عنوان متمم قانون اساسی اضافه کرد. متمم حاوی نکات مهمی بود؛ با این حال وقتی موضوع تصویب متمم در مجلس مطرح شد، برخی از نمایندگان تغییراتی در آن اعمال کردند:
«نمایندگان مواردی را به اصل پیشنهادی شیخ افزودند و با اصلاحاتی آن را تصویب کردند. اختلافات لایحه پیشنهادی شیخ با مصوبه نمایندگان این بود که بر اساس این مصوبه بعد از معرفی بیست تن از مجتهدین طراز اول به مجلس باید پنج تن به عضویت مجلس درمیآمدند، در حالی که در پیشنهاد شیخ فضلالله نوری این افراد لزوماً نماینده مجلس نبودند. دیگر این که در این اصل مقرر شده بود مراجع تقلید هیأت نظارت کننده را معرفی نمایند در حالی که در اصل پیشنهادی شیخ مرجعی برای تعیین این عده مشخص نشده بود. تعداد اعضای این هیأت پنج تن معرفی شد که در پیشنهاد شیخ تعداد این افراد معین نبود. مهمترین وجه اختلاف این بود که مجلس شرط عالم بودن به مقتضیات عصر را به عنوان شرط عضویت در هیأت مجتهدین قرار داد که در پیشنهاد شیخ از این موضوع ذکری به میان نیامده بود. به دنبال طرح اصل دوم متمم قانون اساسی، شیخ فضلالله نوری آماج حملات گروه تندرو مشروطه طلبان واقع شد. روز هشتم جمادی الاولی سال 1325 برخی اعضای انجمن سرّی قصد قتل شیخ را کردند که به نتیجه نرسید.»
منبع: حسین آبادیان، بحران مشروطیت در ایران، تهران، موسسه مطالعات و پژوهشهای سیاسی، 1383، صص 42- 43